123456789101112131415161718192021222324252627282930313233343536373839404142434445464748495051525354555657585960616263646566676869707172737475767778798081828384858687888990919293949596979899100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144145146147148149 |
- #include <Eigen/Sparse>
- #include <bench/BenchTimer.h>
- #include <set>
- using namespace std;
- using namespace Eigen;
- using namespace Eigen;
- #ifndef SIZE
- #define SIZE 1024
- #endif
- #ifndef DENSITY
- #define DENSITY 0.01
- #endif
- #ifndef SCALAR
- #define SCALAR double
- #endif
- typedef SCALAR Scalar;
- typedef Matrix<Scalar,Dynamic,Dynamic> DenseMatrix;
- typedef Matrix<Scalar,Dynamic,1> DenseVector;
- typedef SparseMatrix<Scalar> EigenSparseMatrix;
- void fillMatrix(float density, int rows, int cols, EigenSparseMatrix& dst)
- {
- dst.reserve(double(rows)*cols*density);
- for(int j = 0; j < cols; j++)
- {
- for(int i = 0; i < rows; i++)
- {
- Scalar v = (internal::random<float>(0,1) < density) ? internal::random<Scalar>() : 0;
- if (v!=0)
- dst.insert(i,j) = v;
- }
- }
- dst.finalize();
- }
- void fillMatrix2(int nnzPerCol, int rows, int cols, EigenSparseMatrix& dst)
- {
- // std::cout << "alloc " << nnzPerCol*cols << "\n";
- dst.reserve(nnzPerCol*cols);
- for(int j = 0; j < cols; j++)
- {
- std::set<int> aux;
- for(int i = 0; i < nnzPerCol; i++)
- {
- int k = internal::random<int>(0,rows-1);
- while (aux.find(k)!=aux.end())
- k = internal::random<int>(0,rows-1);
- aux.insert(k);
- dst.insert(k,j) = internal::random<Scalar>();
- }
- }
- dst.finalize();
- }
- void eiToDense(const EigenSparseMatrix& src, DenseMatrix& dst)
- {
- dst.setZero();
- for (int j=0; j<src.cols(); ++j)
- for (EigenSparseMatrix::InnerIterator it(src.derived(), j); it; ++it)
- dst(it.index(),j) = it.value();
- }
- #ifndef NOGMM
- #include "gmm/gmm.h"
- typedef gmm::csc_matrix<Scalar> GmmSparse;
- typedef gmm::col_matrix< gmm::wsvector<Scalar> > GmmDynSparse;
- void eiToGmm(const EigenSparseMatrix& src, GmmSparse& dst)
- {
- GmmDynSparse tmp(src.rows(), src.cols());
- for (int j=0; j<src.cols(); ++j)
- for (EigenSparseMatrix::InnerIterator it(src.derived(), j); it; ++it)
- tmp(it.index(),j) = it.value();
- gmm::copy(tmp, dst);
- }
- #endif
- #ifndef NOMTL
- #include <boost/numeric/mtl/mtl.hpp>
- typedef mtl::compressed2D<Scalar, mtl::matrix::parameters<mtl::tag::col_major> > MtlSparse;
- typedef mtl::compressed2D<Scalar, mtl::matrix::parameters<mtl::tag::row_major> > MtlSparseRowMajor;
- void eiToMtl(const EigenSparseMatrix& src, MtlSparse& dst)
- {
- mtl::matrix::inserter<MtlSparse> ins(dst);
- for (int j=0; j<src.cols(); ++j)
- for (EigenSparseMatrix::InnerIterator it(src.derived(), j); it; ++it)
- ins[it.index()][j] = it.value();
- }
- #endif
- #ifdef CSPARSE
- extern "C" {
- #include "cs.h"
- }
- void eiToCSparse(const EigenSparseMatrix& src, cs* &dst)
- {
- cs* aux = cs_spalloc (0, 0, 1, 1, 1);
- for (int j=0; j<src.cols(); ++j)
- for (EigenSparseMatrix::InnerIterator it(src.derived(), j); it; ++it)
- if (!cs_entry(aux, it.index(), j, it.value()))
- {
- std::cout << "cs_entry error\n";
- exit(2);
- }
- dst = cs_compress(aux);
- // cs_spfree(aux);
- }
- #endif // CSPARSE
- #ifndef NOUBLAS
- #include <boost/numeric/ublas/vector.hpp>
- #include <boost/numeric/ublas/matrix.hpp>
- #include <boost/numeric/ublas/io.hpp>
- #include <boost/numeric/ublas/triangular.hpp>
- #include <boost/numeric/ublas/vector_sparse.hpp>
- #include <boost/numeric/ublas/matrix_sparse.hpp>
- #include <boost/numeric/ublas/vector_of_vector.hpp>
- #include <boost/numeric/ublas/operation.hpp>
- typedef boost::numeric::ublas::compressed_matrix<Scalar,boost::numeric::ublas::column_major> UBlasSparse;
- void eiToUblas(const EigenSparseMatrix& src, UBlasSparse& dst)
- {
- dst.resize(src.rows(), src.cols(), false);
- for (int j=0; j<src.cols(); ++j)
- for (EigenSparseMatrix::InnerIterator it(src.derived(), j); it; ++it)
- dst(it.index(),j) = it.value();
- }
- template <typename EigenType, typename UblasType>
- void eiToUblasVec(const EigenType& src, UblasType& dst)
- {
- dst.resize(src.size());
- for (int j=0; j<src.size(); ++j)
- dst[j] = src.coeff(j);
- }
- #endif
- #ifdef OSKI
- extern "C" {
- #include <oski/oski.h>
- }
- #endif
|